Les écologistes considèrent qu’il y a deux points qui n’avancent pas parmi les dossiers du Grenelle de la Mer : le très important volume de nutriments déversés dans les élevages industriels, et le renouvellement des flottes de bateaux du Sud, qui ont tendance à récupérer les épaves dont les pays industrialisés ne veulent plus.

Les élevages aquacoles sont connus pour être au cœur de nombreux scandales ; des journalistes ont déjà enquêté sur les dégâts qu’ils causent à l’environnement par tout ce qui y est déversé (aliments, médicaments, etc.), et des poissons « mutants » sont parfois retrouvés boursouflés à cause des cocktails toxiques qu’ils ingurgitent quotidiennement. Une firme des Etats-Unis cherche à faire autoriser depuis une dizaine d’années maintenant un « saumon OGM », capable de grossir deux fois plus vite que la normale (un an et demi au lieu de trois ans), et est en passe de réussir peut-être à obtenir l’accord de la Foods and Drugs Administration, mais de nos jours, les saumons d’élevage « normaux » vont à maturation quasiment aussi vite.
Il y a de quoi susciter de nombreuses inquiétudes ; la tendance qu’on peut avoir de privilégier l’agriculture au reste peut induire de nombreux problèmes aux conséquences inconnues (que se passera-t-il lorsque les premiers saumons OGM s’échapperont dans la nature et se mêleront aux saumons sauvages ?).