La mise en place d’une « fiscalité de la mer » fait partie des propositions des comités opérationnels. Une taxe pluviale est par exemple prévue pour financer les collecteurs d’eau pluviale et déverseurs. Une taxe de dépollution du milieu marin est elle aussi envisagée.

Cependant, France Nature Environnement s’interroge sur « la hauteur des moyens humains et financiers » que le gouvernement est disposé à mettre en œuvre pour l’opération. Ceci d’autant plus que des questions problématiques, et couteuses à régler, ont été écartées de la table par le gouvernement : la question de la récupération des déchets dangereux déversés dans les fonds marins, par exemple, n’est toujours pas au programme.