Η εποπτεία της λειτουργίας και συντονισμός των επιμέρους Προστατευόμενων Περιοχών πρέπει να ασκείται από ιεραρχικά από τη δομή των υπηρεσιών του Υπουργείου Περιβάλλοντος, Ενέργειας και Κλιματικής Αλλαγής, οι υπηρεσίες του οποίου πρέπει να συνεπικουρούνται στο έργο τους από τις άλλες κρατικές υπηρεσίες καθώς ιδίως από τις υπηρεσίες του Υπουργείου Προστασίας του Πολίτη (Ελληνική Αστυνομία, Πυροσβεστικό και Λιμενικό Σώμα).

Στις περιπτώσεις στις οποίες η διαχείριση των προστατευόμενων αντικειμένων ανατίθεται σε άλλες δημόσιες υπηρεσίες ή νομικά πρόσωπα, κατά τις διατάξεις του άρθρου 15 του ν. 2742/1999 η πράξη ανάθεσης πρέπει να κανονίζει επακριβώς τον επιμερισμό των αρμοδιοτήτων ανάμεσα σε αυτά τα νομικά πρόσωπα και στις άλλες υπηρεσίες, τα σχετικά με την πρόσληψη του απαραίτητου μόνιμου προσωπικού, καθώς και να διασφαλίζει τη χρηματοδότηση της λειτουργίας τους.