Είναι κοινή παραδοχή πως η κύρια απειλή κατά της βιοποικιλότητας είναι η απώλεια του ενδιαιτήματος.
Η εγκατάσταση ΑΠΕ, ενώ επιτυγχάνει τον στόχο μείωσης εκπομπής CO2, επιτείνει τη μείωση του ενδιαιτήματος στερώντας απ’ την άγρια ζωή ζωτικό χώρο.Επομένως το σ/ν απαιτείται να εξασφαλίζει πρώτιστα το ενδιαίτημα, η απώλεια του οποίου αποτελεί και την κύρια αιτία υποβάθμισης της βιοποικιλότητας.