Το Υπουργείο Περιβάλλοντος, Ενέργειας και Κλιματικής Αλλαγής συντάσσει εθνικό κατάλογο σημαντικών ειδών χλωρίδας, πανίδας και τύπων φυσικών οικοτόπων, ο οποίος εγκρίνεται με απόφαση του Υπουργού. Ο κατάλογος υποδιαιρείται σε κατηγορίες προστασίας. Ως κατηγορίες προστασίας θεωρούνται οι κατηγορίες κινδύνου των εθνικών κόκκινων καταλόγων. Οι χρονικά πιο πρόσφατοι κόκκινοι κατάλογοι θεωρούνται οι κύριοι κατάλογοι απειλούμενων ειδών. Οι κατάλογοι αυτοί συμπληρώνονται ανάλογα με τα αποτελέσματα της απογραφής της κατάστασης της βιοποικιλότητας που προβλέπει το άρθρο 12 και τον κατάλογο ενδημικών ειδών που προβλέπει το άρθρο 9 του ν. 2742/1999 καθώς και σύμφωνα με τα υφιστάμενα επιστημονικά δεδομένα.