Ekologinio ūkininkavimo priemonė leidžia sumažinti ŠESD taršą į atmosferą, nes yra griežtai kontroliuojamas trąšų naudojimas kultūrų auginimui, o dėl to sumažėja tiesioginė bei netiesioginė N₂O tarša iš žemės ūkio veiklos.

Lietuvoje po nepriklausomybės atkūrimo daugėjo ekologinių ūkių – 1993 m. buvo 9 ekologiniai ūkiai, kurie užėmė 148 ha žemės, o 2005 m. buvo jau 1811 ūkių, gaminančių ekologinę produkciją beveik 69,5 tūkst. ha plote. Sertifikuoti ekologiniai ūkiai Lietuvoje užima 2,7 proc. bendro deklaruotų žemės ūkio naudmenų ploto. 2005 m. vidutinis sertifikuotas ekologinis ūkis užėmė 38 ha. plotą. 2009 m. ekologinių ūkių buvo 51,993 tūkst. ha - ūkių, kuriems mokamos tiesioginės išmokos

Pagal EŽUFKP finansinės paramos schemas ekologinių ūkių tiesioginėms išmokoms 2007-2013 m. skirta 154 mln. eurų išmokos, tačiau šiuo metu tiesioginės išmokos yra sumažintos, o be to jos mokamos tik jeigu produkcija yra realizuojama. Dėl šių priežasčių ekologinių ūkių nuo 2005 m. iki 2009 m. sumažėjo per 17,507 tūkst. ha arba po 4,4 tūkst. ha/metus. Tačiau pagal kaimo plėtros strategiją buvo numatoma, kad ekologinių ūkių šalyje iki 2013 m. turi sudaryti iki 5 proc. žemės ūkiui skirtų žemės ūkio naudmenų ploto, kai 2009 m. sudarė iki 1,9 proc., o 2005 m. 2,7 proc. Todėl galima teigti, jog prognozės buvo pernelyg optimistiškos.